Konstanz liegt am Bodensee, am Ausfluss des Rheins aus dem oberen Seeteil direkt an der Grenze zur Schweiz (Kanton Thurgau). Die Schweizer Nachbarstadt Kreuzlingen ist mit Konstanz zusammengewachsen, so dass die Staatsgrenze mitten zwischen einzelnen Häusern und Straßen hindurch, aber auch zum Tägermoos hin entlang des Grenzbaches bzw. Sau-Baches verläuft. Bei gutem Wetter kann man die Alpen sehen, besonders bei Föhn.
Auf der linken (südlichen) Rheinseite liegen vor allem die Altstadt und der Stadtteil Paradies; die meisten der neueren Stadtteile hingegen befinden sich auf der rechten (nördlichen) Rheinseite. Die Konstanzer Altstadt und die westlich anschließenden Stadtteile sind die einzigen Gebiete Deutschlands, die südlich des Seerheins, auf der „Schweizer Seite“, liegen.
Von 1414 bis 1418 fand das Konzil von Konstanz statt. Das Konzilgebäude, in dem lediglich das Konklave der Papstwahl stattfand, steht heute noch am Bodenseeufer, gleich neben dem Konstanzer Hafen und Bahnhof. Der eigentliche Sitzungssaal war der Bischofsdom, das heutige Münster. Die Wahl von Martin V. am 11. November 1417 war die einzige Papstwahl nördlich der Alpen.